Édouard Joubeaud connaît sa première expérience de cinéma sur Jacquot de Nantes d’Agnès Varda, film dans lequel il interprète le rôle de Jacques Demy enfant.
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Il réalise par la suite des œuvres documentaires à Madagascar (Mavokely, Les charbonniers) et produit des créations scéniques en collaboration avec des auteurs de la diaspora malgache telles que Le Prophète et le Président de Raharimanana en 2005.
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En 2007, il se rapproche de l’UNESCO et prend en 2012 la direction éditoriale de Femmes dans l’histoire de l’Afrique. Primé en 2014 par ONU Femmes, ce programme vise à mettre en lumière, à travers des bandes dessinées et des films, le rôle de figures féminines dans l’histoire du continent.
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En 2018, inspiré par l’univers d’une famille du Sud de Madagascar, il réalise son premier long-métrage, Haingosoa, qui reçoit en 2020 le prix du Meilleur film au Festival international de Harlem.